É pai de três filhos: Natália, Igor e Lívia, frutos de seu casamento com Maria de Lourdes Salgado, de quem ficou viúvo. Em 1998, casou-se novamente, desta vez com a professora Maria Helena Freitas Peçanha.
João Francisco teve sua vida dedicada à área da educação. Em Muriaé, trabalhou nas escolas Doutor Olavo Tostes e Professor Orlando de Lima Faria, onde foi diretor por sete anos.
Com vasta experiência na vida pública, foi chefe da Divisão de Ensino na Prefeitura de Ipatinga, durante a gestão de João Lamego Neto.
           
Em Muriaé, exerceu as funções de secretário municipal de Educação, Cultura, Esporte e Turismo (sendo responsável pela implantação da Escola Família Agrícola); chefe do antigo Departamento de Meio Ambiente; assessor técnico do Programa de Desenvolvimento da Zona da Mata; e, mais recentemente, chefe de gabinete já na gestão do prefeito Grego.
Em âmbito estadual, foi membro do Conselho de Extensão e Pesquisa da Universidade do Estado de Minas Gerais entre 1994 e 2006.
Também dedicou seu trabalho à causa ambiental, desenvolvendo propostas para o Rio Muriaé e para o Parque Municipal do Itajuru. Nos anos 90, representou nossa cidade durante a ECO 92, no Rio de Janeiro.
Em 1999, João Francisco dos Santos foi condecorado pelo então governador Itamar Franco com a Medalha do Mérito Educacional.